Boîtes de Petri avec mycélium blanc sain sur gélose agar dans un environnement stérile.

Cultures stériles en mycologie : maîtriser l’agar et éviter les contaminations

La culture des champignons est une discipline fascinante qui s’apparente autant au jardinage qu’à la microbiologie de laboratoire. Si faire pousser des pleurotes sur de la paille en extérieur est accessible à tous, passer à l’étape supérieure, c’est-à-dire cloner des souches sur gélose (agar) ou produire son propre mycélium sur grains, demande une rigueur absolue. En mycologie, l’ennemi invisible est partout : ce sont les moisissures (comme le Trichoderma vert) et les bactéries. Pour réussir, vous devez maîtriser l’art des cultures stériles. Comment transformer un coin de cuisine en laboratoire aseptisé ? Quels sont les gestes barrières indispensables ? Plongée dans le monde de l’infiniment petit.

Les infos à retenir

  • 🧫 Le principe : Le milieu de culture (agar, grains) est une nourriture riche. Si vous ne travaillez pas stérilement, les moisissures ambiantes (plus rapides que le champignon) coloniseront le substrat avant votre mycélium.
  • 📦 L’outil indispensable : La SAB. La « Still Air Box » (boîte à air immobile) est la méthode la plus économique et efficace pour débuter. Elle empêche les courants d’air porteurs de contaminants.
  • 🔥 La stérilisation : Tout outil (scalpel, aiguille) doit être chauffé au rouge (« flambé ») avant de toucher le champignon. L’alcool 70° désinfecte les surfaces mais ne stérilise pas les outils.
  • 🦠 L’ennemi N°1 : Nous ! L’être humain est la source principale de contamination (respiration, peau, cheveux). L’hygiène personnelle est cruciale.

La guerre invisible : comprendre les vecteurs de contamination

Dans l’air que nous respirons, des millions de spores de moisissures et de bactéries flottent en permanence. Pour nous, c’est inoffensif. Pour une boîte de Petri remplie de gelée nutritive (malt-agar ou PDA), c’est une invitation au festin. Réussir une culture stérile ne consiste pas à tuer tous les microbes de la pièce (c’est impossible), mais à créer une zone de travail protégée et temporaire où le nombre de contaminants est proche de zéro. Les vecteurs principaux sont les courants d’air, vos mains, votre haleine et les outils non stérilisés. Utiliser de l’alcool à 70% peut aider à réduire les risques de contamination. Dès que vous ouvrez un pot stérilisé à l’air libre, c’est la loterie. C’est pourquoi on ne travaille jamais « à ciel ouvert ».

SAB vs Hottes à flux laminaire : quel équipement choisir ?

Pour créer cette bulle de protection, il existe deux écoles. La méthode professionnelle utilise une hotte à flux laminaire. C’est un appareil coûteux équipé d’un filtre HEPA qui souffle un mur d’air purifié vers l’utilisateur, repoussant ainsi toutes les poussières. C’est le Graal du mycologue.
Cependant, pour l’amateur, la SAB (Still Air Box) est la reine. Il s’agit d’une simple boîte de rangement en plastique transparent (type bac de 80L) retournée, avec deux trous pour passer les mains. Le principe est la physique pure : dans un air parfaitement immobile, les particules de poussière et les spores finissent par tomber au fond de la boîte par gravité. En travaillant au centre de la boîte, après avoir laissé l’air se stabiliser, on obtient un environnement étonnamment propre pour cloner des champignons ou inoculer des grains, pour un coût dérisoire.


La gestuelle aseptique : une chorégraphie précise

Avoir le matériel ne suffit pas, il faut adopter le « geste stérile ». Cela commence par l’hygiène : douche, vêtements propres, gants en nitrile nettoyés à l’alcool isopropanol 70%.
Ensuite, c’est une question de logique spatiale. On ne passe jamais la main au-dessus d’une boîte de Petri ouverte (des particules pourraient tomber de votre manche). On travaille avec des gestes lents et délibérés pour ne pas créer de turbulences. Chaque outil métallique (lame de scalpel, boucle d’inoculation) doit être chauffé à la flamme jusqu’à incandescence avant chaque contact avec le mycélium. C’est ce qu’on appelle la stérilisation par le feu. Enfin, on scelle hermétiquement les boîtes (avec du film Parafilm) immédiatement après l’opération pour empêcher les intrus d’entrer pendant la phase d’incubation.

Le conseil du mycologue expert

« Ne confondez pas nettoyer et stériliser. Passer un coup de lingette Javel ne suffit pas. Le secret, c’est la chaîne de stérilité. Si votre scalpel touche le bord extérieur (sale) de la boîte de Petri, il est contaminé. Il faut le reflamber. En mycologie, la paranoïa est une qualité. Si vous avez un doute sur un geste, considérez que c’est contaminé et recommencez. »


La patience comme seule juge

La maîtrise des cultures stériles est un apprentissage par l’échec. Vos premières boîtes finiront probablement vertes (Trichoderma) ou roses (bactéries). Ne vous découragez pas. Analysez votre procédure : étiez-vous dans un courant d’air ? Avez-vous parlé au-dessus de la boîte ? Avec le temps, vos gestes deviendront automatiques et votre taux de réussite frôlera les 100%.


Foire Aux Questions (FAQ)

🔥 Pourquoi l’alcool 70° est-il mieux que le 90° ?

C’est contre-intuitif, mais l’alcool à 70% est plus efficace pour tuer les microorganismes. L’eau contenue dans le mélange permet à l’alcool de pénétrer la membrane cellulaire des bactéries et de les détruire de l’intérieur. L’alcool à 90% s’évapore trop vite et coagule la membrane sans tuer le germe.

💧 De l’eau se forme dans mes boîtes de Petri, est-ce grave ?

La condensation est l’ennemie du mycologue. L’eau libre permet aux bactéries de nager et de se propager rapidement. Pour l’éviter, versez votre agar quand il est le plus froid possible (environ 45-50°C) et empilez les boîtes les unes sur les autres pendant le refroidissement pour limiter le choc thermique.

🍄 Peut-on cloner un champignon du supermarché ?

Absolument ! C’est le meilleur moyen de débuter. Prenez un beau pleurote ou champignon de Paris bio. Dans votre SAB, déchirez le pied à la main (ne coupez pas) pour exposer la chair intérieure stérile. Prélevez un minuscule morceau de chair au cœur du champignon avec un scalpel flambé et déposez-le sur l’agar. Le mycélium repartira de là.

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