Travailler le matin puis se voir prescrire un arrêt maladie le même jour ne pose pas de problème particulier : cette journée reste normalement rémunérée par l’employeur comme un jour de travail classique, puisqu’elle a été débutée avant la prescription. L’arrêt de travail, lui, prend effet à la date indiquée sur le certificat médical, mais son indemnisation par la CPAM ne démarre réellement que le lendemain de ce dernier jour travaillé, une fois le délai de carence de trois jours écoulé. Cette distinction entre le jour payé par l’employeur et le premier jour compté par la Sécurité sociale explique la plupart des malentendus rencontrés sur les forums. En cas d’affection de longue durée (ALD), la carence ne s’applique qu’au tout premier arrêt lié à cette pathologie, ce qui change la donne pour les arrêts suivants.
Ce qu’il faut retenir
- ⏱️ Rémunération des heures faites : l’employeur doit payer les heures effectivement travaillées le matin.
- 📅 Départ officiel de l’arrêt : l’arrêt de travail prend effet le jour même de sa rédaction par le médecin.
- 🛑 Application du délai de carence : le délai de carence de 3 jours de la CPAM s’applique généralement dès le lendemain si le premier jour est travaillé.
- ✉️ Transmission sous 48 heures : l’avis d’arrêt de travail doit être envoyé à l’employeur et à la CPAM dans le délai imparti.
Comment est rémunérée la demi-journée travaillée le matin de l’arrêt ?
Sur le plan du droit du travail et de la paie, la règle est claire : tout travail effectué doit obligatoirement être rémunéré par l’entreprise.
Si vous avez travaillé de 8h à 12h avant de vous rendre chez le médecin à 14h, votre employeur est tenu de comptabiliser ces 4 heures de travail effectif sur votre bulletin de paie du mois en cours. Pour la demi-journée de l’après-midi non travaillée, l’absence est qualifiée en arrêt maladie. L’employeur applique les règles de maintien de salaire conventionnel ou légal selon les dispositions de votre convention collective, à condition que vous ayez l’ancienneté requise.

Quand démarre le délai de carence de la Sécurité sociale ?
La prise en charge par la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) obéit à des règles strictes sur le cumul de salaire et d’indemnités.
En vertu du principe de non-cumul entre salaire et indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS), la CPAM ne peut pas verser d’IJSS pour une journée où le salarié a perçu tout ou partie de son salaire de la part de son employeur. Dès lors, si la journée a été partiellement travaillée le matin, le premier jour de carence de la Sécurité sociale décalera au lendemain. Le jour de la consultation n’est donc pas indemnisé par les IJSS (puisqu’il est payé en heures travaillées par l’employeur), et les 3 jours de carence réglementaires de l’Assurance Maladie commencent à courir le jour suivant.
Tableau récapitulatif du traitement de la journée selon la date de l’arrêt
Le mode de comptabilisation de votre salaire et de la carence dépend de la date d’effet inscrite par le médecin sur l’avis d’arrêt.
Le tableau ci-dessous détaille les deux options possibles selon la rédaction du formulaire :
| Option retenue sur le formulaire médical | Traitement des heures du matin | Départ de la carence CPAM |
|---|---|---|
| Arrêt prescrit avec date du jour même | Heures payées normalement par l’employeur. | Le délai de carence (3 jours) démarre le lendemain. |
| Arrêt prescrit débutant le lendemain (Post-daté) | Journée complète payée en heures + convenance/absence. | Le délai de carence démarre le lendemain matin. |
Si le médecin accepte de faire débuter l’arrêt de travail le lendemain (car vous avez effectué la majeure partie de votre journée de travail), l’après-midi manqué peut être régularisé en congé payé, en RTT ou en autorisation d’absence accordée par votre employeur.
L’avis d’un gestionnaire de paie
« Pensez à préciser à votre service RH dès le lendemain que vous avez travaillé le matin avant de partir chez le médecin ! Si vous ne le mentionnez pas, le gestionnaire de paie risque de saisir une journée complète d’absence maladie non payée par erreur lors du traitement de l’attestation de salaire DSN. »

Quelles sont les démarches à accomplir auprès de son employeur l’après-midi même ?
Même si vous avez quitté votre poste en informant oralement votre responsable hiérarchique, les formalités administratives restent obligatoires.
Transmettez le volet 3 de l’avis d’arrêt de travail à votre employeur (et les volets 1 et 2 à votre CPAM) dans le délai légal de 48 heures. Joignez un mot explicatif ou un courriel précisant les heures exactes effectuées le matin (par exemple de 8h30 à 12h00). L’employeur établira l’attestation de salaire en indiquant le dernier jour travaillé comme étant la date du jour même, en précisant que la journée a été interrompue.
Que se passe-t-il si vous travaillez de nuit ou en horaires décalés ?
Pour les salariés travaillant en équipe de nuit ou à cheval sur deux journées civiles, la gestion de l’arrêt demande une attention particulière.
Si vous avez commencé votre poste de nuit la veille au soir et que vous vous arrêtez le matin à 4 heures pour aller consulter, la prise en compte se fait au prorata des heures du poste. La journée de travail de référence retenue par la Sécurité sociale correspond à la date de début de l’équipe de travail. Rapprochez-vous de votre service RH pour vérifier la saisie sur le logiciel de gestion des temps.
Foire Aux Questions (FAQ)
🔍 L’employeur peut-il imposer de poser un demi-RTT pour le matin travaillé ?
Non. L’employeur n’a pas le droit d’imposer la pose d’un demi-RTT ou d’un demi-jour de congé payé pour couvrir le matin où vous avez réellement travaillé. Ces heures constituent du travail effectif et doivent figurer sur la fiche de paie en salaire brut de base.
⏱️ La CPAM peut-elle réclamer le remboursement si des IJSS sont versées le jour même ?
Oui. Si la CPAM verse par erreur une indemnité journalière pour le jour où vous avez perçu votre salaire du matin, un indu sera généré. La caisse vous demandera de rembourser la journée d’IJSS trop-perçue lors de la régularisation des décomptes.
📌 Le médecin peut-il refuser de faire démarrer l’arrêt le jour même si j’ai travaillé le matin ?
Le médecin constate votre état de santé au moment de la consultation. S’il estime que vous étiez inapte à travailler le jour même, il coche la date de la consultation. C’est ensuite à l’employeur et à la CPAM d’articuler le paiement des heures du matin et le calcul de la carence.







